Thèmes de Recherche

Longtemps décrite comme une enveloppe rigide autour des cellules végétales, la paroi cellulaire végétale est maintenant considérée comme un compartiment dynamique impliqué dans de nombreux processus physiologiques tels que le développement, la signalisation ou la défense contre des stress biotiques ou abiotiques. Elle est à la fois source et site de perception de signaux. Elle est constituée majoritairement de réseaux de polysaccharides (90% en masse), mais renferme aussi des protéines, formant un assemblage supramoléculaire complexe. Sa composition biochimique et l’agencement de ses constituants polysaccharidiques et protéiques varient tout au long de la vie de la cellule. Les protéines jouent des rôles clés dans le remaniement et la structuration de l’architecture pariétale, en modifiant les polysaccharides, générant des signaux ou en interagissant avec d’autres constituants de la paroi.

Nos travaux ont pour objectif de contribuer à la compréhension du rôle des protéines pariétales dans les processus de développement. Ceci nécessite (i) l’identification de l’ensemble des protéines pariétales dans une situation physiologique donnée, (ii) le suivi de la dynamique du protéome dans différentes conditions physiologiques, et (iii) la mise en oeuvre d’analyses fonctionnelles. Ces analyses fonctionnelles nous ont amenés à définir des microdomaines pariétaux assurant des fonctions spécifiques au cours de développement ainsi qu’à la mise en évidence de réseaux non covalents protéines/polysaccharides. Les espèces actives de l’oxygène (ROS), qui sont des acteurs clefs de nombreux processus physiologiques cellulaires, sont aussi impliquées dans la dynamique pariétale. Le contrôle par des protéines pariétales de leur production et de leur localisation est aussi un axe de recherche.  Enfin, nous nous intéressons à l’évolution de familles de protéines pariétales en étudiant différents organismes de la lignée verte, depuis des organismes aquatiques ancêtres des plantes terrestres, jusqu’à des organismes apparus plus récemment au cours de l’évolution de la lignée verte.

Notre équipe a également développé des outils bioinformatiques mis à disposition de la communauté scientifique sous la forme de trois bases de données interactives et mises à jour régulièrement : Redoxibase, ProtAnnDB et WallProtDB.

Protéomique de la paroi végétale

Contacts : Elisabeth JAMET, Laurent HOFFMANN

Doctorants : Muhammad IRSHAD (2005-2008), Huan NGUYEN-KIM (2011-2015), Harold DURUFLE (2014-2017), Hasan KOLKAS (2019-2022)

Etudiants en Master : Leïla FEIZ (2005), Yu ZHANG (2009), Aurélie GIBOULOT (2010), Kahina MERAH (2012), Vincent HERVE (2014),

Depuis le début des années 2000, l’équipe s’est illustrée par ses travaux en protéomique pariétale et tient maintenant une place de leader dans ce domaine au niveau international. Elle a fortement contribué à l’analyse du protéome de paroi de la plante modèle Arabidopsis thaliana qui constitue le plus grand protéome pariétal décrit à ce jour, avec 975 protéines identifiées (WallProtDB). Différents matériels ont été analysés par l’équipe : suspensions cellulaires (Borderies et al. 2003), racines (Nguyen-Kim et al. 2016), rosettes (Boudart et al. 2005, Hervé et al. 2016), tiges (Duruflé et al. 2017), secrétome de plantules étiolées en milieu liquide (Charmont et al. 2005) ou encore hypocotyles de plantules étiolées (Feiz et al. 2006, Irshad et al. 2008).

La mise en place de protocoles dédiés à la purification de parois (Feiz et al. 2006)  et à l’extraction des protéines de ces parois avec des solutions salines (Irshad et al. 2008) a permis d’analyser les protéomes pariétaux de différentes espèces : Brachypodium distachyon (Douché et al. 2013, 2021 ; Francin-Allami et al.  2015, 2016 ; Pinski et al. 2021), Saccharum officinarum (Calderan-Rodrigues et al. 2014, 2016, 2017 ; Fonseca et al. 2018) et Triticum aestivum (Cherkaoui et al. 2018, 2020). Ces travaux ont montré la grande diversité des protéines pariétales et des profils protéiques des différents organes des plantes, illustrant ainsi la plasticité pariétale.

Au-delà de l’identification des protéines, nous avons mis en évidence des modifications post-traductionnelles de type N-glycosylation (Ligat et al. 2011, Zhang et al. 2011), hydroxylation de prolines (Pro) en hydroxyprolines (Hyp) (Nguyen-Kim et al. 2016, Duruflé et al. 2017) ou O-glycosylation de Hyp (Hijazi et al. 2012). Ainsi, nous avons proposé un nouveau code qui permet de prédire la position des Hyp dans des séquences de protéines de la famille des protéines riches en hydroxyprolines (HRGP) (Canut et al. 2016, Duruflé et al. 2017).

La base de données ProtAnnDB a été créée pour annoter les protéines identifiées par spectrométrie de masse et bioinformatique sur la base de prédiction de localisation subcellulaires et de présence de domaines fonctionnels annotés de manière experte (San Clemente et al. 2009). Elle permet de comparer entre eux différents protéomes qui sont réunis dans la base de données WallProtDB (San Clemente et Jamet 2015). Ces travaux ont permis de séparer deux ensembles de protéines dans les protéomes pariétaux : (i) celles qui ont un peptide signal prédit, et (ii) celles qui ont en dépourvues et qui pourraient être des contaminants intra-cellulaires ou bien être sécrétées par des voies alternatives encore à clairement identifier chez les plantes (Albenne et al. 2013, Regente et al. 2017). Plus récemment, les données de spectrométrie de masse ont pu être utilisées pour comparer les extrémités N- et C-terminales des protéines pariétales déterminées expérimentalement et celles qui sont prédites par bioinformatique (Pinski et al. 2021).

Nous avons mis en place de nouveaux vecteurs pour vérifier rapidement la localisation sub-cellulaire rapide des protéines d’intérêt identifiées dans des protéomes pariétaux en les fusionnant avec des protéines fluorescentes stables au pH acide des parois telles que la TagRFP ou la TagBFP (Albenne et al. 2014 ; Berthold, Roujol et al. 2019 ; Roujol et al. 2020 ; Pinski et al. 2021).

Nos études se poursuivent à travers l’étude de protéomes pariétaux de plantes ancestrales de la lignée verte ou à des collaborations pour des études de protéomes pariétaux d’autres espèces végétales. Ceci nous permettra d’étudier l’évolution du protéome pariétal. Nous sommes également impliqué dans le projet ANR STRESS-PEPT intéressé à l’étude du rôle de peptides pariétaux au cours des interactions plante-pathogènes.

Collaborations :

– Mathilde FRANCIN-ALLAMI, Fabienne GUILLON, Colette LARRE, Mehdi CHERKAOUI, Biopolymères Interactions Assemblages, INRAE Nantes.

– Catherine RAYON, Karine PAGEAU, Maïté LESCHEVIN, Biologie des Plantes et Innovation, Université Picardie-Jules Verne, Amiens.

– Sébastien AUBOURG, Jean-Pierre RENOU, Philippe GRAPPIN, Institut de Recherche en Horticulture et Semences, INRAE Angers), Coordination ANR STRESS-PEPT.

– Michel ZIVY, Thierry BALLIAU, Plateforme d’analyse protéomique Paris Sud-Ouest, Le Moulon.

– Carlos LABATE, Maria-Juliana CALDERAN-RODRIGUES, Laboratório Max Feffer de Genética de Plantas, Escola Superior de Agricultura « Luiz de Queiroz », Université de São Paulo, Piracicaba, Brésil.

–  Laura de la CANAL, Instituto de Investigaciones Biológicas, Universidad Nacional de Mar del Plata, Argentine.

– Alexander BETEKHTIN, Artur PINSKI, Faculty of Natural Sciences, Université de Silésie à Katowice, Pologne.

1. Dynamique des microdomaines pariétaux au cours du développement et de la germination de la graine d’Arabidopsis thaliana

Contact : Vincent BURLAT, Christophe DUNAND, Philippe RANOCHA

Doctorants : Edith FRANCOZ (2012-2015), Sébastien VIUDES (2018-2021), Bastien DAUPHIN (2019-2022)

Les parois cellulaires végétales sont des structures hautement dynamiques qui sont constamment remodelées au cours du développement des plantes. Nous sommes particulièrement intéressés par les échafaudages moléculaires permettant des événements de relâchement ou de renforcement des microdomaines de la paroi cellulaire nécessaires à la bonne mise en place de l’architecture cellulaire et donc au développement des plantes. Nous utilisons principalement deux modèles cellulaires chez Arabidopsis thaliana pour aborder cette question : (i) les cellules sécrétrices de mucilage des graines (Francoz et al. 2015, 2019) et (ii) l’endosperme micropylaire des graines (Jemmat et al. 2020). Les principaux acteurs moléculaires auxquels nous nous intéressons sont les peroxydases de classe III (CIII-Prx) qui sont capables soit de relâcher soit de rigidifier les microdomaines de la paroi cellulaire en fonction de l’isoforme considérée au sein des 73 membres de la famille multigénique (Francoz et al. 2015). Suite à une étape de criblage par hybridation d’ARN in situ des profils d’expression spatiotemporels des gènes CIII Prx au cours du développement des graines d’A. thaliana (Francoz et al. 2016) et de leur germination (Jemmat et al. 2020), nous avons identifié des gènes candidats pour réaliser des études fonctionnelles. Nous avons étudié de manière approfondie le mécanisme moléculaire permettant de positionner la CIII Prx PRX36 sur un microdomaine de la paroi cellulaire des cellules sécrétrices du mucilage pendant le développement de la graine. Grâce à une étude intégrée de génétique, biologie cellulaire et modélisation moléculaire, nous avons découvert (i) la présence au sein de ce microdomaine pariétal d’un motif d’homogalacturonane partiellement déméthylestérifié contrôlé par le PECTINE METHYLESTERASE INHIBITOR 6 (PMEI6), qui constitue (ii) une plateforme d’ancrage moléculaire pour PRX36, permettant (iii) son action de relâchement hautement polarisée nécessaire à une bonne libération du mucilage (Francoz et al. 2019).

Nous poursuivons actuellement l’étude de ce concept d’échafaudages moléculaires permettant l’ancrage des CIII-Prx sur des codes-barres d’homogalacturonanes dans le cadre du projet de recherche collaborative MicroWall financé par l’ANR que nous coordonnons.

Collaborations:

Jérôme PELLOUX, Biologie des Plantes et Innovation, Université Picardie-Jules Verne, Amiens, Partenaire ANR MicroWall.

Marie-Christine RALET, Biopolymères Interactions Assemblages, INRAE, Nantes, Partenaire ANR MicroWall.

2. Architecture supra-moléculaire dans les parois végétales : mise en évidence de réseaux non covalents

Contact : Elisabeth JAMET

Doctorants : Muhammad IRSHAD (2005-2008), May HIJAZI (2008-2011), Huan NGUYEN-KIM (2011-2015), Hasan KOLKAS (2019-2022)

Au cours de la croissance, les parois des cellules végétales doivent être remaniées fortement pour accompagner l’augmentation de volume de la cellule. Un intérêt particulier a été porté à la protéine AGP31 (ArabinoGalactan Protein 31) d’Arabidopsis thaliana, codée par At1g28290, qui a été identifiée en abondance dans les parois des hypocotyles étiolés, dont les cellules subissent une élongation rapide et importante (Irshad et al. 2008). AGP31 comporte un peptide signal en N-terminal, un domaine AGP, une région riche en His, un domaine central riche en Pro, ainsi qu’un domaine C-terminal appelé PAC (Proline-rich protein, Arabinogalactan protein, conserved Cys). La combinaison de différentes approches de spectrométrie de masse et de biochimie a permis de révéler la présence de résidus hydroxyproline (Hyp) et de O-glycanes riches en galactose et arabinose au niveau du domaine riche en Pro (Hijazi et al. 2012). AGP31 a été trouvée sous plusieurs glycoformes différant par le type et la taille des O-glycanes et/ou la longueur de la chaîne polypeptidique. Par ailleurs, des tests in vitro ont montré des interactions entre le domaine PAC d’AGP31 et des galactanes présents sur les rhamnogalacturonanes de type I (RG I) des pectines (Hijazi et al. 2014). Il a également été montré qu’AGP31 pouvait interagir avec elle-même, probablement via les O-glycanes de son domaine riche en Pro et son domaine PAC. Enfin, une remarquable affinité entre les O-glycanes du domaine riche en Pro et une lectine de cacahuète (PNA, PeaNut Agglutinin) a été mise en évidence, indiquant de possibles interactions avec des lectines pariétales (Hijazi et al. 2012).

L’ensemble des données obtenues a permis de proposer un modèle d’interactions non covalentes plaçant AGP31 au cœur d’un assemblage supramoléculaire complexe, suggérant un rôle structural pour cette protéine atypique. Ces résultats apportent des éléments nouveaux sur l’architecture de la paroi et mettent en lumière le rôle central des O-glycoprotéines dans son organisation (Hijazi et al. 2014).

Le rôle du domaine PAC dans ces assemblages protéines/polysaccharides nous a conduits à le rechercher dans d’autres protéines d’A. thaliana, puis dans d’autres plantes. C’est ainsi que nous avons montré que ce domaine est fortement conservé dans la lignée verte avec un nombre réduit de protéines à domaine PAC dans des organismes ancestraux tels que Marchantia polymorpha (Nguyen-Kim et al. 2020).

Les travaux actuels visent à comprendre l’évolution du domaine PAC, d’un point de vue à la fois structural et fonctionnel.

Collaboration : Gabriele GADERMAIER, Josef LAIMER, Peter LACKNER, Université de Salzbourg, Autriche.

1. Répertoire de gènes dédiés à la régulation des espèces réactives d’oxygène (ROS) :  la RedoxiBase

Contacts : Catherine MATHÉ, Christophe DUNAND, Bruno SAVELLI

Doctorants : Qiang LI (2011-2015), Nizar FAWAL (2012-2015)

La Redoxibase centralise des séquences codant pour des oxydo-réductases de tous les organismes vivants. L’annotation manuelle et la correction de séquences déjà annotées sont nos préoccupations majeures, mais aussi une garantie de qualité. Cependant, avec le nombre croissant d’organismes et de séquences disponibles, la RedoxiBase évolue régulièrement pour rester compétitive et attractive (Savelli et al. 2019).

Le projet a pour objectifs : (i) de mettre en place des pipelines afin d’accélérer l’intégration de nouvelles oxydo-réductases, en vérifiant et corrigeant automatiquement les peroxydases annotées lors des nombreux projets de séquençage génomique. Pour cela, les séquences sont soumises à nos profils famille-spécifiques et comparées en terme de structure exon/intron aux séquences de la base ; (ii) de développer de nouveaux outils mis à disposition via l’interface de la RedoxiBase afin de faciliter l’analyse comparative intra-espèces et inter-espèces : visualisation des polymorphismes, outils de cartographie ou de navigation sur les génomes (e.g. MapChart, GBrowse), identification et représentation des relations d’orthologie, paralogie (e.g. SyMap, Circos).

2. Recherche de peroxydases de classe III (CIII Prx) et Etude de leur évolution dans la lignée verte

Contacts : Catherine MATHÉ, Christophe DUNAND

Doctorante : Duchesse MBADINGA MBADINGA (2017-2020)

Les peroxydases catalysent des réactions redox impliquant du peroxyde d’hydrogène et différents substrats. Elles sont présentes dans tous les règnes et forment généralement des familles multigéniques de tailles variables (2 à 138 isoformes). La superfamille des peroxydases non-animales contient trois classes de protéines (I, II et III, CI, CII et CIII Prx, respectivement) ayant des structures tertiaires très proches et partageant probablement un ancêtre commun. Les CI et CIII Prx sont trouvées chez les plantes (Mbadinga Mbadinga et al. 2020). Elles jouent des rôles fondamentaux dans différents processus physiologiques tels que la formation de la paroi, la détoxification des espèces réactives d’oxygène (ROS) ou la défense contre les pathogènes (Cosio et al. 2009). Les gènes codant les CI et CIII Prx présentent un grand degré de duplication chez les plantes.

Les principaux objectifs du projet sont les suivants : (i) obtenir une image précise de la distribution des CIII Prx chez les Charaphyceae ; (ii) reconstruire des séquences ancestrales au niveau des principaux noeuds taxonomiques.

Plasticité pariétale et adaptation

Contacts : Christophe DUNAND, Vincent BURLAT, Philippe RANOCHA

Doctorants : Ali ELJEBBAWI (2018-2021), Sébastien VIUDES (2018-2021)

Chez A. thaliana, les 73 peroxydases de classes III (CIII Prx) présentent des profils d’expression spécifiques (Francoz et al. 2015). Des études récentes tendent à montrer que la localisation fine de peroxydases individuelles pourrait conduire à une rencontre spécifique « enzyme-substrat » permettant une action contrôlée au niveau de micro-domaines pariétaux. Cette action peut ensuite conceptuellement impliquer un rôle de relâchement pariétal ou de renforcement pariétal.

Les processus développementaux conduisant à la formation de la graine et à sa germination ont été choisis pour étudier le rôle des CIII Prx. Chez A. thaliana, les cellules de la couche épidermique la plus externe de la graine (cellules sécrétrices de mucilage, MSC) synthétisent une paroi interne en forme de volcan et produisent un abondant mucilage polysaccharidique comprimé. La quantité, la forme et la composition du mucilage sont très variables au sein des Brassicaceae.

La rupture des téguments de la graine (testa et endosperme micropylaire) est critique pour la germination en permettant l’émergence de la radicule. Par ailleurs, nous avons montré que la production de ROS est nécessaire à la germination, et que les CIII Prx pourraient être impliquées dans l’homéostasie des ROS.

Le projet a pour objectifs : (i) de mieux comprendre l’évolution de la mise en place des MSC,  la production du mucilage et des mécanismes d’extrusion au sein des Brassicaceae, et  (ii) d’analyser plusieurs candidats CIII Prx pouvant être impliqués dans le contrôle de la rupture de l’endosperme micropylaire.

1. Homéostasie des ROS durant le développement racinaire

Contacts : Christophe DUNAND, Philippe RANOCHA

Doctorant : Ali ELJEBBAWI (2018-2021)

Les espèces actives de l’oxygène (ROS), bien connues pour leurs effets délétères au cours des réponses de stress et de défense, peuvent aussi avoir un rôle de signalisation. Le contrôle de l’homéostasie des ROS au cours des processus biologiques tel que le développement racinaire est primordial. Cela inclut l’élongation cellulaire,  le développement des poils absorbants et l’apparition des racinaires secondaires. Trois facteurs de transcription contrôlant chacun l’expression d’une peroxydase distincte,  dont la fonction biologique générale consiste à contrôler l’homéostasie des ROS ont été étudiés chez Arabidopsis thaliana (Eljabbawi et al. 2021).

Le projet a pour objectifs : (i) l’analyse fonctionnelle de trois peroxydases de classe III (CIII Prx) d’A. thaliana au cours du développement des poils absorbants dans des conditions de croissance contrastées ; (ii) l’identification de nouveaux acteurs liés au contrôle de l’architecture racinaire et à l’homéostasie des ROS en réponse à des conditions de croissance contrastées, telles que les stress thermiques et salins et leurs effets combinés. Pour cela le génome nucléaire de plusieurs individus provenant de différentes populations d’A. thaliana est séquencé et l’analyse phénotypique haut débit sur le système racinaire de chaque écotype cultivé dans trois conditions de températures (16°C, 22°C, 28°C) et deux conditions salines (0 mM et 50 mM NaCl) est effectuée.

Collaboration : José Manuel ESTEVEZ, Fundación Instituto Leloir, Buenos Aires, Argentine.

2. Récepteurs lectine-kinases et Perception de modifications de l’intégrité pariétale

Contact : Hervé CANUT

Doctorants : Anne GOUGET (2002-2006), Kevin BELLANDE (2016-2019)

Notre équipe s’intéresse à la communication entre les parois et le cytoplasme des cellules des plantes. Il s’agit de contribuer à la compréhension des fonctions des lectines chez la plante modèle Arabidopsis thaliana.

Les lectines sont des protéines présentes dans tous le règne vivant. Elles sont capables de se lier à des mono ou des oligosaccharides de manière réversible et de décoder l’information contenue dans ces structures complexes. Ces molécules, pour la plupart originaire des plantes, trouvent de multiples applications en sciences biologiques et en médecine. depuis l’application initiale pour le typage sanguin, des découvertes récentes ont permis de montrer leur rôle, souvent bénéfique, sur le développement des tumeurs et en thérapie anti-cancéreuse. De même, les lectines sont fondamentales pour la vie des plantes et jouent des rôles importants dans la communication inter-cellulaire, le développement et les stratégies naturelles de défense.

Les parois cellulaires végétales sont des structures complexes contenant de la cellulose, des hémicelluloses, des pectines et des protéines secrétées par les cellules, créant ainsi une structure extracellulaire assurant la cohésion tissulaire. Ces parois sont dynamiques et sources de signaux chimiques ou mécaniques. Chez A. thaliana, les lectines sont présentes dans les parois, à la fois sous forme de protéines solubles faiblement liées aux parois (Lec), et sous forme chimérique localisées à la membrane plasmique : il s’agit alors de domaines extracelllulaires de lectine récepteurs kinases (LecRK) (Bellande et al. 2017).

Nous avons montré que, chez A. thaliana, les contacts membrane plasmique-parois [1-flèche blanche] sont établis par des interactions protéine-protéine impliquant la reconnaissance du motif Arg-Gly-Asp (RGD). LecRK-I.9 (At5g60300) est l’un des candidats pour être un lien entre membrane plasmique et paroi (Gouget et al. 2006). Il appartient à la famille des lectines de type légumineuse [2]. Nous avons montré que la résistance à Pseudomonas syringae pv tomate (Pst), une bactérie pathogène et à Phytophthora infestans, un oomycète, est affectée chez un mutant lecrk-I.9 (Bouwmeester et al. 2011, Balagué et al. 2016).

Par ailleurs, notre analyse du protéome pariétal de cellules en élongation a révélé la présence de plusieurs lectines (Irshad et al. 2008). Des analyses phylogéniques ont montré que les protéines de type Lec et LecRK sont très proches et forment un cluster (Bellande et al. 2017). Enfin, des constructions « promoteur LecRK-I.9-GUS » ont montré que l’activité du promoteur de LecRK-I.9 est maximale dans les apex des racines principales et qu’elle est absente des primordia des racines latérales [3].

Le but de ce projet est de comprendre le rôle des protéines Lec/LecRK chez A. thaliana. Une combinaison d’approches de biochimie et de génomique fonctionnelle est mise en œuvre pour identifier des ligands extracellulaires de ces protéines. Nous supposons que les Lec/LecRK sont impliquées dans la détection de pathogènes, mais aussi dans l’assemblage et le remodelage des polysaccharides pariétaux. En particulier, les Lec/LecRK pourraient agir comme des senseurs de l’intégrité pariétale.

ANR WALLARRAY (2009)

ANR WALLARRAY2 (2011-2014)

Collaborations :

– Francine GOVERS, Laboratory of Phytopathology, Université de Wageningen, Pays Bas.

– Olivier HAMANT, Laboratoire de Reproduction et Développement des plantes, Lyon. Projet ERC MUSIX (2021-2025).

L’équipe a organisé :

  • Les Journées du Réseau Français des Parois en 2008. 
  • La Journée annuelle du Protéome Vert en 2011. 
  • L’Ecole d’Été mixOmics dans le cadre du COST FA1306 The quest for tolerant varieties : phenotyping at plant and cellular level en 2016. 

Elisabeth JAMET a été co-éditeur invité avec Els VAN DAMME, Nausicaa LANNOO et Cécile ALBENNE d’un e-book portant sur Plant Glycobiology – A sweet world of lectins, glycoproteins, glycolipids and glycans dans le cadre des Research Topics de Frontiers in Plant Science (2015) et co-éditeur invité d’un numéro spécial de Proteomes intitulé Plant Proteomics 2017 avec Véronique SANTONI. Elle a aussi été co-éditeur invité (i) avec Christophe DUNAND du Numéro Spécial de International Journal of Molecular Sciences intitulé Plant Cell wall Proteins and Development et (ii) avec Christophe DUNAND et Zoë POPPER d’un Special Topic de Frontiers in Plant Science portant sur Co-evolution of plant cell wall polymers.

E JAMET est actuellement co-éditeur invité avec Christophe DUNAND du Numéro Spécial de Cells intitulé Research on Plant cell Wall Biology. C DUNAND est éditeur invité d’une Topical Collection dans International Journal of Molecular Sciences intitulée The plant cell walls and their impact on plant physiology.  Ces deux numéros spéciaux sont actuellement ouverts à la soumission de manuscrits.

Publications

2022

2021

Althiab-Almasud R, Chen Y, Maza E, Djari A, Frasse P, Mollet JC, Mazars C, Jamet E, Chervin C (2021) Ethylene signaling modulates tomato pollen tube growth, through modifications of cell wall remodeling and calcium gradient. Plant J 107: 893-908 (lire)

Badruna L, Burlat V, Roblin P, Enjalbert T, Lippens G, Venditto I, O’Donohue MJ, Montanier C (2021) The Jo-In protein welding system is a relevant tool to create CBM-containing plant cell wall degrading enzymes. New Biotechnol 65: 31-41 (lire)

Bafoil M, Yousi M, Dunand C, Nerbahi N (2021) Effect of dielectric barrier ambient air plasma on two Brassicaceae seeds: Arabidopsis thaliana and Camelina sativa. Int J Mol Sci  22: 9923 (lire)

Douché T, Valot B, Balliau T, Zivy M, San Clemente H, Jamet E (2021). Cell wall proteomic datasets of stems and leaves of Brachypodium distachyon. Data Brief 35: 106818 (lire)

Eljebbawi A, Guerrero YDCR, Dunand C, Estevez JM (2021) Highlighting reactive oxygen species as multitaskers in root development. iScience. 24: 101978 (lire)

Firmin A, Selosse MA, Dunand C, Elger A (2021) Mixotrophy in aquatic plants, an overlooked ability. Trends Plant Sci (doi: 10.1016/j.tplants.2021.08.011)

2020

Bellande K, Lalo A, Ligat L, Roujol D, Jamet E, Canut H (2020) Recombinant N-glycosylation isoforms of Legume lectins: production and purification from Nicotiana benthamiana leaves following RuBisCO depletion. Plant Physiol Biochem 157: 441-452 (lire)

Cherkaoui M, Lollier V, Geairon A, Bouder A, Larré C, Rogniaux H, Jamet E, Guillon F, Francin-Allami M (2020) Cell wall proteome of wheat grain endosperm and outer layers at two key stages of early development. Int J Mol Sci 21: 239 (lire)

Duruflé H, Ranocha P, Balliau T, Zivy M, Albenne C, Burlat V, Déjean S, Jamet E, Dunand C (2020) An integrative study showing the adaptation to sub-optimal growth conditions of natural populations of Arabidopsis thaliana: a focus on cell wall changes. Cells 9: 2249 (lire)

Duruflé H, Selmani M, Ranocha P, Jamet E, Dunand C, Déjean S (2020) A powerful framework for an integrative study with heterogeneous omics data: from univariate statistics to multi-block analysis. Brief Bioinformatics bbaa166 (lire)

Roujol D, Hoffmann L, San Clemente H, Ritzenthaler C, Burlat V, Jamet E (2020) Plant cell wall proteomes : bioinformatics and cell biology tools to assess the bona fide cell wall localization of proteins. Methods Mol Biol 2149: 443-462 (lire)

Viudes S, Burlat V, Dunand C (2020) Seed mucilage evolution: diverse molecular mechanisms generate versatile ecological functions for particular environments. Plant Cell Environ (doi.org/10.1111/pce.13827) (lire)

2019

Bafoil M, Le Ru A, Merbahi N, Eichwald O, Dunand C, Yousfi M (2019) New insights of low-temperature plasma effects on germination of three genotypes of Arabidopsis thaliana seeds under osmotic and saline stresses. Sci Rep 9: 8649 (lire)

Berthold F, Roujol D, Hemmer C, Jamet E, Ritzenthaler C, Hoffmann L, Schmitt-Keichinger C (2019) Inside or outside? A new collection of Gateway vectors allowing plant protein subcellular localization or over-expression. Plasmid 105: 102436 (lire)

Delaux PM, Hetherington AJ, Coudert Y, Delwiche C, Dunand C, Gould S, Kenrick P, Li FW, Philippe H, Rensing SA, Rich M, Strullu-Derrien C, de Vries J (2019) Reconstructing trait evolution in plant evo-devo studies. Curr Biol 29: R1110-R1118 (lire)

Duruflé H, Albenne C, Jamet E, Dunand C (2019) Phenotyping and cell wall polysaccharide composition of five Arabidopsis ecotypes grown at optimal or sub-optimal temperatures. Data Brief 25: 104318 (lire)

Duruflé H, Ranocha P, Balliau T, Dunand C, Jamet E (2019) Transcriptomic and cell wall proteomic datasets of rosettes and floral stems from five Arabidopsis thaliana ecotypes grown at sub-optimal temperature. Data Brief 27: 104581 (lire)

Francoz E, Ranocha P, Dunand C, Burlat V (2019) Medium-throughput RNA in situ hybridization of serial sections from paraffin-embedded tissue microarrays. Methods Mol Biol, 1933: 99-130 (lire)

Francoz E, Ranocha P, Le Ru A, Martinez Y, Fourquaux I, Jauneau A, Dunand C, Burlat (2019) Pectin demethylesterification generates platforms that anchor peroxidases to remodel plant cell wall domains. Dev Cell 48: 261-276 (lire)

Mathé C, Fawal N, Roux C, Dunand C (2019) In silico definition of new lignin peroxidase classes in fungi and putative relation to fungal life style. Sci Rep. 9: 20373 (lire)

Savelli B, Li Q, Webber M, Jemmat AM, Robitaille A, Zamocky M, Mathé C, Dunand C.(2019) RedoxiBase: a new database for ROS homeostasis regulated proteins. Redox Biol 26: 101247 (lire)

Savelli B, Picard S, Roux C, Dunand C (2019) ExpressWeb: A Web application for clustering and visualization of expression data. bioRxiv (lire)

2018

Bafoil M, Jemmat AM, Martinez Y, Merbahi N, Eichwald O, Dunand C, Yousfi M (2018) Effects of low temperature plasmas and plasma activated waters on Arabidopsis thaliana germination and growth. PLoS One 13: e0195512 (lire)

Calderan-Rodrigues MJ, Fonseca JG, San Clemente H, Labate CA, Jamet E (2018) Glycoside hydrolases in plant cell wall proteomes: predicting functions that could be relevant for improving biomass transformation processes. Advances in Biofuels and Bioenergy (M Nageshwara-Rao and J Soneji eds), InTechOpen access Publisher, Croatia, pp 165-182 (lire)

Cherkaoui M, Geairon A, Lollier V, San Clemente H, Larré C, Rogniaux H, Jamet E, Guillon F, Francin-Allami M (2018) Cell wall proteome investigation of bread wheat (Triticum aestivum) developing grain in endosperm and outer layers. Proteomics 18: 1800286 (lire)

Fonseca JG, Calderan-Rodrigues MJ, de Moraes FE, Cataldi TR, Jamet E, Labate CA (2018) Cell wall proteome of sugarcane young and mature leaves and stems. Proteomics 18: 1700129 (lire)

Jacq A, Burlat V, Jamet E (2018) Plant cell wall proteomics as a strategy to reveal candidate proteins involved in extracellular lipid metabolism. Curr Protein Pept Sci 19: 190-199 (lire)

Jamet E, Santoni V (2018) Editorial for Special Issue: 2017 Plant Proteomics. Proteomes 6: 28 (lire)

Nishiyama T et al. (2018) The Chara genome: secondary complexity and implications for plant terrestrialization. Cell 174: 448-464 (lire)

2017

Badruna L, Burlat V, Montanier C (2017) CBMs as probes to explore plant cell wall heterogeneity using immunocytochemistry. Methods Mol Biol 1588 : 181-197 (lire)

Balagué C, Gouget A, Bouchez O, Souriac C, Haget N, Boutet-Mercey S, Govers F, Roby D, Canut H (2016) The Arabidopsis thaliana lectin receptor kinase LecRK-I.9 is required for full resistance to Pseudomonas syringae and affects jasmonate signalling. Mol Plant Pathol 18 : 937-948 (lire)

Bellande K, Bono JJ, Savelli B, Jamet E, Canut H (2017) Plant lectins and lectin receptor-like kinases : How do they sense the outside ? Int J Mol Sci 18 : 1164 (lire)

Calderan-Rodrigues MJ, Fonseca JG, Labate CA, Jamet E (2017) Cell wall proteomics as a means to identify target genes to improve second generation biofuel production. In Frontiers in Bioenergy and Biofuels (E Jacob-Lopes and L Queiroz Zepka ed), InTechOpen access Publisher, Croatia, pp 5-24 (lire)

Canut H, Albenne C, Jamet E (2017) Isolation of the cell wall. Methods Mol Biol 1511 : 171-185 (lire)

Cosio C, Ranocha P, Francoz E, Burlat V, Zheng Y, Perry SE, Ripoll JJ, Yanofsky M, Dunand C (2017) The class III peroxidase PRX17 is a direct target of the MADS-box transcription factor AGAMOUS-LIKE15 (AGL15) and participates in lignified tissue formation. New Phytol 213 : 250-263 (lire)

Duruflé H, Hervé V, Balliau T, Zivy M, Dunand C, Jamet E (2017) Proline hydroxylation in cell wall proteins : is it yet possible to define rules ? Front Plant Sci 8: 1802 (lire)

Duruflé H, Hervé V, Ranocha P, Balliau T, Zivy M, Chourré J, San Clemente, H, Burlat V, Albenne C, Déjean S, Jamet E, Dunand C (2017) Cell wall modifications of two Arabidopsis thaliana ecotypes, Col and Sha, in response to sub-optimal growth conditions : an integrative study. Plant Sci 263 : 183-193 (lire)

Duruflé H, San Clemente H, Balliau T, Zivy M, Dunand C, Jamet E (2017) Cell wall proteome analysis of Arabidopsis thaliana mature stems. Proteomics 17, 8, 1600449 (lire)

Jacq A, Pernot C, Martinez Y, Domergue F, Payré B, Jamet E, Burlat V, Pacquit V (2017) The Arabidopsis Lipid Transfer Protein 2 (AtLTP2) is involved in cuticle-cell wall interface integrity and in etiolated hypocotyl permeability. Front Plant Sci 8 : 263 (lire)

Jamet E (2017) Plant cell wall proteomics : An assessment twenty years after launching. Bioinform. Proteomics Open Access J 1: 000107 (lire)

Mangano S, Denita-Juarez SP, Choi HS, Marzol E, Hwang Y, Ranocha P, Melina Velasquez S, Borassi C, Barberini ML, Aptekmann AA, Muschietti JP, Nadra AD, Dunand C, Cho HT, Estevez JM (2017) The molecular link between auxin and ROS-mediated polar growth. Proc Natl Acad Sci USA 114: 5289-5294 (lire)

Regente M, Pinedo M, San Clemente H, Balliau T, Jamet E, de la Canal L (2017) Plant extracellular vesicles are incorporated by cells of a fungal pathogen and inhibit its growth. J Exp Bot 20: 5485-5496 (lire)

Sibout R, Proost S, Hansen B, Vaid N, Giorgi F, Ho-Yue-Kuang S, Legée F, Cezart L, Bouchabké-Coussa O, Soulhat C, Provart N, Pasha A, Le Bris P, Roujol D, Höfte H, Jamet E, Lapierre C, Persson S, Mutwil M (2017) Expression atlas and comparative co-expression network analyses reveal important genes involved in the formation of lignified cell wall in Brachypodium distachyon. New Phytol 215 : 1009-1025 (lire)

2016

Calderan-Rodrigues MJ, Jamet E, Douché T, Rodrigues Bonassi MB, Regiani Cataldi T, Fonseca Guimarães J, San Clemente H, Pont-Lezica R, Labate CA (2016) Cell wall proteome of sugarcane stems : comparison of a destructive and a non-destructive extraction method showed differences in glycoside hydrolases and peroxidases. BMC Plant Biol 16 : 14 (lire)

Canut H, Albenne C, Jamet E (2016) Post-translational modifications of plant cell wall proteins and peptides : A survey from a proteomics point of view. Biochim Biophys Acta 1864 : 983-990 (lire)

Francin-Allami M, Lollier V, Pavlovic M, San Clemente H, Rogniaux H, Jamet E, Guillon F, Larré C (2016) Understanding the remodelling of cell walls during Brachypodium distachyon grain development through a sub-cellular quantitative proteomic approach. Proteomes 4 : 21 (lire)

Francoz E, Ranocha P, Pernot C, Le Ru, A, Pacquit V, Dunand C, Burlat V (2016) Complementarity of medium-throughput in situ RNA hybridization and tissue-specific transcriptomics : case study of Arabidopsis seed development kinetics. Sci Rep 6:24644 (lire)

Hervé V, Duruflé H, San Clemente H, Albenne C, Balliau T, Zivy M, Dunand C, Jamet E (2016) An enlarged cell wall proteome of Arabidopsis thaliana rosettes. Proteomics 16 : 3183-3187 (lire)

Nguyen-Kim H, San Clemente H, Balliau T, Zivy M, Dunand C, Albenne C, Jamet E (2016) Arabidopsis thaliana root cell wall proteomics : increasing the proteome coverage using a combinatorial peptide ligand library and description of unexpected Hyp in peroxidase amino acid sequences. Proteomics 16 : 491-503 (lire)

2015

Cao PB, Azar S, San Clemente H, Mounet F, Dunand C, Marque G, Marque C, Teulières C (2015) Genome-wide analysis of the AP2/ERF family in Eucalyptus grandis: an intriguing over-representation of DREB1/CBF genes all stress responsive. PLoS One 10: e0121041 (lire)

Delaux PM, Radhakrishnan GV, Jayaraman D, Cheema J, Malbreil M, Volkening JD, Sekimoto H, Nishiyama T, Melkonian M, Pokorny L, Rothfels CJ, Sederoff HW, Stevenson DW, Surek B, Zhang Y, Sussman MR, Dunand C, Morris RJ, Roux C, Wong GK, Oldroyd GE, Ané JM (2015) Algal ancestor of land plants was preadapted for symbiosis. Proc Natl Acad Sci U S A 112: 13390-13395 (lire)

Dupoiron S, Zischek C, Ligat L, Carbonne J, Boulanger A, Dugé de Bernonville T, Lautier M, Rival P, Arlat M, Jamet E, Lauber E, Albenne C (2015) The N-glycan cluster from Xanthomonas campestris pv. campestris : a toolbox for sequential plant N-glycan processing. J Biol Chem 290: 6022-6036 (lire)

Francin-Allami M, Merah K, Albenne C, Rogniaux H, Pavlovic M, Lollier V, Sibout R, Guillon F, Jamet E, Larré C (2015) Cell wall proteomics of Brachypodium distachyon grains : A focus on cell wall remodeling proteins. Proteomics 15: 2296-2306 (lire)

Francoz E, Ranocha P, Burlat V, Dunand C (2015) Arabidopsis seed mucilage 1 secretory cells : Regulation and dynamics. Trends Plant Sci 20 : 515-524 (lire)

Francoz E, Ranocha P, Nguyen-Kim H, Jamet E, Burlat V, Dunand C (2015) Roles of cell wall peroxidases in plant development. Phytochemistry 112: 15-21 (lire)

Lauressergues D, Couzigou JM, San Clemente H, Martinez Y, Dunand, Bécard G, Combier JP (2015) Primary transcripts of microRNAs encode regulatory peptides. Nature 520: 90-93 (lire)

Li Q, Yu H, Cao PB, Fawal N, Mathé C, Azar S, Cassan-Wang H, Myburg AA, Grima-Pettenati J, Marque C, Teulières C, Dunand C (2015) Explosive tandem and segmental duplications of multigenic families in Eucalyptus grandis. Genome Biol Evol 7: 1068-1081 (lire)

Pont-Lezica RF (2015) Localizing proteins by tissue printing. Methods Mol Biol 1312: 93-104 (lire)

Raggi S, Ferrarini A, Delledonne M, Dunand C, Ranocha P, De Lorenzo G, Cervone F, Ferrari S (2015) The Arabidopsis class III peroxidase AtPRX71 negatively regulates growth under physiological conditions and in response to cell wall damage. Plant Physiol 169: 2513-2525 (lire)

San Clemente H, Jamet E (2015) WallProtDB, a database resource for plant cell wall proteomics. Plant Methods 11: 2 (lire)

Sénéchal F, L’Enfant M, Domon JM, Rosiau E, Crépeau MJ, Surcouf O, Esquivel-Rodriguez J, Marcelo P, Mareck A, Guérineau F, Hyung-Rae K, Mravec J, Bonnin E, Jamet E, Kihara D, Lerouge P, Ralet MC, Pelloux J, Rayon C (2015) Tuning of pectin methylesterification : PECTIN METHYLESTERASE INHIBITOR 7 modulates the processive activity of co-expressed PECTIN MEHYLESTERASE 3 in a pH-dependent manner. J Biol Chem 290: 23320-23335 (lire)

Zhu X, Dunand C, Snedden W, Galaud JP (2015) CaM and CMLs emergence in the green lineage. Trends Plant Sci 20: 483-489 (lire)

2014

Albenne C, Canut H, Hoffmann L, Jamet E (2014) Plant cell wall proteins : a large body of data, but what about runaways ? Proteomes 2: 224-242 (lire)

Calderan-Rodrigues MJ, Jamet E, Calderan Rodrigues Bonassi MB, Guidetti-Gonzalez S, Carmanhanis Begossi A, Vaz Setem L, Franceschini LM, Guimarães Fonseca J, Labate CA (2014) Cell wall proteomics of sugarcane cell suspension cultures. Proteomics 14: 738-749 (lire)

Dugé de Bernonville T, Albenne C, Arlat M, Hoffmann L, Lauber E, Jamet E (2014) Xylem sap proteomics. Methods Mol Biol 1072: 391-405 (lire)

Fawal N, Li Q, Mathé C, Dunand C (2014) Automatic multigenic family annotation: risks and solutions. Trends Genet 30: 323-325 (lire)

Hijazi M, Roujol D, Nguyen-Kim H, del Rocio Cisneros Castillo L, Saland E, Jamet E, Albenne C (2014) Arabinogalactan protein 31 (AGP31), a putative network-forming protein in Arabidopsis thaliana cell walls ? Ann Bot 114: 1087-1097 (lire)

Hijazi M, Velasquez MS, Jamet E, Estevez JM, Albenne C (2014) An update on post-translational modifications of hydroxyproline-rich glycoproteins : Towards a model highlighting their contribution to plant cell wall architecture. Front Plant Sci 5: 395 (lire)

Lannoo N, Van Damme EJM, Albenne C, Jamet E (2014) Plant Glycobiology – a diverse world of lectins, glycoproteins, glycolipids and glycans. Front Plant Sci 5: 604 (lire). Accès e-book.

Myburg AA et al. (2014) The genome of Eucalyptus grandis. Nature 510: 356-362 (lire)

Ranocha P, Francoz E, Burlat V, Dunand C (2014) Expression of PRX36, PMEI6 and SBT1.7 is controlled by complex transcription factor regulatory networks for proper seed coat mucilage extrusion. Plant Signal Behav 9: e977734 (lire)

Yu H, Soler M, Mila I, San Clemente H, Dunand C, Paiva JAP, Myburg AA, Bouzayen M, Grima-Pettenati J, Cassan-Wang H (2014) Genome-wide characterization and expression profiling of the AUXIN RESPONSE FACTOR (ARF) gene family in Eucalyptus grandis. PLoS One 9: e108906 (lire)

2013

Albenne C, Canut H, Jamet E (2013) Plant cell wall proteomics : the leadership of Arabidopsis thaliana. Front Plant Sci 4: 111 (lire)

Douché T, San Clemente H, Burlat V, Roujol D, Valot B, Zivy M, Pont-Lezica R, Jamet E (2013) Brachypodium distachyon as a model plant towards improved biofuel crops : Search for secreted proteins involved in biogenesis and disassembly of cell wall polymers. Proteomics 13: 2438-2454 (lire)

Fawal N, Li Q, Savelli B, Brette M, Passaia G, Fabre M, Mathé C, Dunand C (2013) PeroxiBase: a database for large-scale evolutionary analysis of peroxidases. Nucleic Acids Res 41(Database issue): D441-444 (lire)

Lariguet P, Ranocha P, De Meyer M, Barbier O, Penel C, Dunand C (2013) Identification of a hydrogen peroxide signalling pathway in the control of light-dependent germination in Arabidopsis. Planta 238: 381-395 (lire)

Mallèvre F, Roget A, Kervella Y, Ropartz D, Ralet M-C, Canut H, Minon T, Livache T (2013) Microwave heating for the rapid generation of glycosylhydrazides. Bioconjugate Chem 24: 1264-1269 (lire)

Simkin AJ, Miettinen K, Claudel P, Burlat V, Guirimand G, Courdavault V, Papon N, Meyer S, Godet S, St-Pierre B, Giglioli-Guivarc’h N, Fischer MJ, Memelink J, Clastre M (2013) Characterization of the plastidial geraniol synthase from Madagascar periwinkle which initiates the monoterpenoid branch of the alkaloid pathway in internal phloem associated parenchyma. Phytochemistry 85: 36-43

2012

Delaux PM, Nanda AK, Mathé C, Sejalon-Delmas N, Dunand C (2012) Molecular and biochemical aspects of plant terrestrialization. Perspect Plant Ecol Evol Syst 14: 49-59 (lire)

Delaux PM, Xie X, Timme RE, Puech-Pagès V, Dunand C, Lecompte E, Delwiche CF, Yoneyama K, Bécard G and Séjalon-Delmas N (2012) Origin of strigolactones in the green lineage. New Phytol 195: 857-871 (lire)

Fawal N, Savelli B, Dunand C, Mathé C (2012) GECA: a fast tool for Gene Evolution and Conservation Analysis in eukaryotic protein families. Bioinformatics 28: 1398-1399 (lire)

Geu-Flores F, Sherden NH, Courdavault V, Burlat V, Glenn WS, Wu C, Nims E, Cui Y, O’Connor SE (2012) An alternative route to cyclic terpenes by reductive cyclization in iridoid biosynthesis. Nature 492: 138-142

Guirimand G, Guihur A, Phillips M, Oudin A, Glévarec G, Mahroug S, Melin C, Papon N, Clastre M, Giglioli-Guivarc’h N, St-Pierre B, Rodríguez-Concepción M, Burlat V, Courdavault V (2012) Triple subcellular targeting of isopentenyl diphosphate isomerases encoded by a single gene. Plant Signal Behav 7: 1495-1497

Guirimand G, Guihur A, Phillips MA, Oudin A, Glévarec G, Melin C, Papon N, Clastre M, St-Pierre B, Rodríguez-Concepción M, Burlat V, Courdavault V (2012) A single gene encodes isopentenyl diphosphate isomerase isoforms targeted to plastids, mitochondria and peroxisomes in Catharanthus roseus. Plant Mol Biol 79: 443-459

Guirimand G, Simkin AJ, Papon N, Besseau S, Burlat V, St-Pierre B, Giglioli-Guivarc’h N, Clastre M, Courdavault V (2012) Cycloheximide as a tool to investigate protein import in peroxisomes : a case study of the subcellular localization of isoprenoid biosynthetic enzymes. J Plant Physiol 169: 825-829

Hijazi M, Durand J, Pichereaux C, Pont F, Jamet E, Albenne C (2012) Characterization of the ArabinoGalactan Protein 31 (AGP31) of Arabidopsis thaliana : new advances on the Hyp-O-glycosylation of the Pro-rich domain. J Biol Chem 287: 9623-9632 (lire)

Marino D, Dunand C, Puppo A, Pauly N (2012) A burst of plant NADPH oxidases. Trends Plant Sci  17: 9-15 (lire)

Olson A, Aerts,A, Asiegbu F, Belbahri L, Bouzid O, Broberg A, Canbäck B, Coutinho PM, Cullen D, Dalman K, Deflorio G, van Diepen L, Dunand C, Duplessis S., Durling M., Gonthier P, Grimwood J, Gunnar Fossdal C, Hansson, D., Henrissat, B., Hietala, A., Himmelstrand, K., Hoffmeister D, Hogberg N, James T, Karlsson J, Kohler A, Kües U, Lee Y, Lin Y-C, Lind M, Lindquist E, Lombard V, Lucas S, Lunden K, Morin E, Murat C, Park R, Raffaello T, Rouzé P, Salamov A, Schmutz J, Solheim H, Stahlberg J, Velez M, de Vries R, Wiebenga A, Woodward S, Yakovlev I, Garbelotto M, Martin F, Grigoriev I, Stenlid J (2012) Insight into trade-off between wood decay and parasitism from the genome of a fungal forest pathogen. New Phytol 194: 1001-1013 (lire)

Vázquez-Lobo A, Roujol D, Zuñiga-Sánchez E, Albenne C, Piñero D, Gamboa de Buen A, Jamet E (2012) The highly conserved spermatophyte cell wall DUF642 protein family : phylogeny and first evidence of interaction with cell wall polysaccharides in vitro. Mol Phylogenet Evol 63: 510-520 (lire)

2011

Bouwmeester K, de Sain M, Weide R, Gouget A, Klamer S, Canut H, Govers F (2011) The lectin receptor kinase LecRK-I.9 is a novel Phytophthora resistance component and a host target for a RXLR effector. PLoS Pathog 7: e1001327 (lire)

Dunand C, Mathé C, Lazzarotto F, Margis R, Margis-Pinheiro M (2011) Ascorbate peroxidase-related (APx-R) is not a duplicable gene. Plant Signal Behav 6: 1908-1913 (lire)

Guirimand G, Guihur A, Ginis O, Poutrain P, Héricourt F, Oudin A, Lanoue A, St-Pierre B, Burlat V, Courdavault V (2011) The subcellular organization of strictosidine biosynthesis in Catharanthus roseus epidermis highlights several trans-tonoplast translocations of intermediate metabolites. FEBS J 278: 749-63

Guirimand G, Guihur A, Poutrain P, Héricourt F, Mahroug S, St-Pierre B, Burlat V, Courdavault V (2011) Spatial organization of the vindoline biosynthetic pathway in Catharanthus roseus. J Plant Physiol 6: 549-557

Guénin S, Mareck A, Rayon C, Lamour R, Assoumou, Ndong Y, Domon JM, Sénéchal F, Fourneta F, Jamet E , Canut H, Percoco G, Mouille G, Rolland A, Rustérucci C, Guérineau F, Van Wuytswinkel O, Gillet F, Driouich A, Lerouge P, Gutierrez L, Pelloux J (2011) Identification of PME3 as a basic pectin methylesterase isoform involved in adventitious rooting in Arabidopsis. New Phytol 192: 114-126 (lire)

Jamet E (2011) Obituary : Rafael Pont-Lezica. Front Plant Sci 2: 86 (lire)

Lazzarotto F, Teixeira FK, Barcelos Rosa S, Dunand C, Lemelle Fernandes C, de Vasconcelos Fontenele A, Silveira JAG, Verli H, Margis R, Margis-Pinheiro M (2011) APX-R is a new heme-containing protein functionally associated to APx but evolutionarily divergent. New Phytol 191: 234-250 (lire)

Ligat L, Lauber E, Albenne C, San Clemente H, Valot B, Zivy M, Pont-Lezica R, Arlat M, Jamet E (2011) Analysis of the xylem sap proteome of Brassica oleracea reveals a high content in secreted proteins. Proteomics 11: 1798-1813 (lire)

Poutrain P, Guirimand G, Mahroug S, Burlat V, Melin C, Ginis O, Oudin A, Giglioli-Guivarc’h N, Pichon O, Courdavault V (2011) Molecular cloning and characterisation of two calmodulin isoforms of the Madagascar periwinkle Catharanthus roseus. Plant Biol 13: 36-41

Zhang Y, Giboulot A, Zivy M, Valot B, Jamet E, Albenne C (2011) Combining various strategies to increase the coverage of the plant cell wall glycoproteome. Phytochemistry 72: 1109-1123 (lire)

2010

Cosio C, Dunand C (2010) Transcriptome analysis of various flower and silique development stages indicates a set of class III peroxidase genes potentially involved in pod shattering in Arabidopsis thaliana. BMC Genomics 11: 528 (lire)

Guirimand G, Courdavault V, Lanoue A, Mahroug S, Guihur A, Blanc N, Giglioli-Guivarc’h N, St-Pierre B, Burlat V (2010) Strictosidine activation in Apocynaceae : towards a « nuclear time bomb »? BMC Plant Biol 10 : 20

Guirimand G, Courdavault V, St-Pierre B, Burlat V (2010) Biosynthesis and regulation of alkaloids. In E Pua, M Davey, eds, Plant developmental biology – Biotechnological perspectives, vol 2. Springer-Verlag, Berlin Heidelberg, pp 139-160

Jamet E, Pont-Lezica R (2010) The puzzle of protein location in plant proteomics. In G Rancourt, ed, Proteomics : Methods, Applications and Limitations. Nova Science Publishers, Inc., Hauppauge, NY, USA (lire)

Lanoue A, Burlat V, Henkes GJ, Koch I, Schurr U, Rose USR (2010) De novo biosynthesis of defense root exudates in response to Fusarium attack in barley. New Phytol 185 : 577-588 (lire)

Lanoue A, Burlat V, Schurr U, Rose US (2010) Induced root-secreted phenolic compounds as a belowground plant defense. Plant Signal Behav 5: 1037-1038

Mathé C, Barre A, Jourda C, Dunand C (2010) Evolution and expression of class III peroxidases. Arch Biochem Biophys 500: 58-65 (lire)

Nanda AK, Andrio E, Marino D, Pauly N, Dunand C (2010) Reactive oxygen species during plant-microorganism early interactions. J Integr Plant Biol 52: 195-204 (lire)

Pont-Lezica R, Minic Z, San Clemente H, Roujol D, Jamet E (2010) Plant cell wall functional genomics : Novelties from proteomics. In M Osborne, ed, Advances in Genetics Research, vol 1. Nova Science Publishers, Inc, Hauppauge, NY, USA, pp 265-281 (lire)

2009

Albenne C, Canut H, Boudart G, Zhang Y, San Clemente H, Pont-Lezica R, Jamet E (2009) Plant cell wall proteomics : mass spectrometry data, a trove for research on protein structure/function relationships. Mol Plant 2: 977-989 (lire)

Cosio C, Dunand C (2009) Specific functions of individual class III peroxidase genes. J Exp Bot 60: 391-408 (lire)

Cosio C, Vuillemin L, De Meyer M, Kevers C, Penel C, Dunand C (2009) An anionic class III peroxidase from zucchini may regulate hypocotyl elongation through its auxin oxidase activity. Planta 229: 823-836 (lire)

Courdavault V, Burlat V, St-Pierre B, Giglioli-Guivarc’h N (2009) Proteins prenylated by type I protein geranylgeranyltransferase act positively on the jasmonate signalling pathway triggering the biosynthesis of monoterpene indole alkaloids in Catharanthus roseus. Plant Cell Rep 28: 83-93

Guirimand G, Burlat V, Oudin A, Lanoue A, St-Pierre B, Courdavault V (2009) Optimization of the transient transformation of Catharanthus roseus cells by particle bombardment and its application to the subcellular localization of hydroxymethylbutenyl 4-diphosphate synthase and geraniol 10-hydroxylase. Plant Cell Rep 28: 1215-1234

Jamet E, Roujol D, San Clemente H, Irshad M, Soubigou-Taconnat L, Renou J, Pont-Lezica R (2009) Cell wall biogenesis of Arabidopsis thaliana elongating cells : transcriptomics complements proteomics. BMC Genomics 10: 505 (lire)

Koua D, Cerutti L, Falquet L, Sigrist CJA, Theiler G, Hulo N, Dunand C (2009) PeroxiBase: a database with new tools for peroxidase family classification. Nucleic Acids Res 37: D261-D266 (lire)

Minic Z, Jamet E, San Clemente H, Pelletier S, Renou J, Rihouey C, Okinyo D, Proux C, Lerouge P, Jouanin L (2009) Transcriptomic analysis of Arabidopsis developing stems : a close-up on cell wall genes. BMC Plant Biol 9: 17 (lire)

Oliva M, Theiler G, Zamocky M, Koua D, Margis-Pinheiro M, Passardi F, Dunand C (2009) PeroxiBase: a powerful tool to collect and analyse peroxidase sequences from Viridiplantae. J Exp Bot 60: 453-459 (lire)

Pont-Lezica RF (2009) Localizing proteins by tissue printing. Methods Mol Biol 536: 75-88 (lire)

San Clemente H, Pont-Lezica R, Jamet E (2009) Bioinformatics as a tool for assessing the quality of sub-cellular proteomic strategies and inferring functions of proteins : plant cell wall proteomics as a test case. Bioinform Biol Insights 3: 15-28 (lire)

2008

Foissac S, Gouzy J, Rombauts S, Mathé C, Amselem J, Sterck L, Van de Peer Y, Rouzé P, Schiex T (2008) Genome annotation in plants and fungi : EuGene as a model platform. Curr Bioinform 3: 87-97 (lire)

Irshad M, Canut H, Borderies G, Pont-Lezica R, Jamet E (2008) A new picture of cell wall protein dynamics in elongating cells of Arabidopsis thaliana : confirmed actors and newcomers. BMC Plant Biol 8: 94 (lire)

Jamet E, Albenne C, Boudart G, Irshad M, Canut H, Pont-Lezica R (2008) Recent advances in plant cell wall proteomics. Proteomics 8: 893-908 (lire)

Jamet E, Boudart G, Borderies G, Charmont S, Lafitte C, Rossignol M, Canut H, Pont-Lezica R (2008) Isolation of plant cell wall proteins. Methods Mol Biol 425: 187-201 (lire)

Jamet E, Canut H, Albenne C, Boudart G, Pont-Lezica R (2008) Cell wall. In G Agrawal, R Rakwal, eds, Plant Proteomics : Technologies, Strategies, and Applications. Wiley, USA, pp 293-307 (lire)

Jouili H, Bouazizi H, Rossignol M, Borderies G, Jamet E, El Ferjani E (2008) Partial purification and characterization of a copper-induced anionic peroxidase of sunflower roots. Plant Physiol Biochem 46: 760-767 (lire)

Margis R, Dunand C, Teixeira FK, Margis-Pinheiro M (2008) Glutathione peroxidase family – an evolutionary overview. FEBS J 275: 3959-3970 (lire)

Zamocky M, Jakopitsch C, Furtmuller PG, Dunand C, Obinger C (2008) The peroxidase-cyclooxygenase superfamily: reconstructed evolution of critical enzymes of the innate immune system. Proteins 72: 589-605 (lire)

2007

Boudart G, Minic Z, Albenne C, Canut H, Jamet E, Pont-Lezica R (2007) Cell wall proteome. In S Samaj, J Thelen, eds, Plant proteomics. Springer, Berlin, pp 169-185 (lire)

Minic Z, Jamet E, Négroni L, der Garabedian AP, Zivy M, Jouanin L (2007) A sub-proteome of Arabidopsis thaliana mature stems trapped on Concanavalin A is enriched in cell wall glycoside hydrolases. J Exp Bot 58: 2503-2512 (lire)

2006

Feiz L, Irshad M, Pont-Lezica R, Canut H, Jamet E (2006) Evaluation of cell wall preparations for proteomics : a new procedure for purifying cell walls from Arabidopsis hypocotyls. Plant Methods 2 : 10 (lire)

Gouget A, Senchou V, Govers F, Sanson A, Barre A, Rougé P, Pont-Lezica R, Canut H (2006) Lectin receptor kinases participate in protein-protein interactions to mediate plasma membrane-cell wall adhesions in Arabidopsis. Plant Physiol 140 : 81-90 (lire)

Jamet E, Canut H, Boudart G, Pont-Lezica R (2006) Cell wall proteins : a new insight through proteomics. Trends Plant Sci 11 : 33-39 (lire)

2005

Aubourg S, Brunaud V, Bruyere C, Cock M, Cooke R, Cottet A, Couloux A, Dehais P, Deleage G, Duclert A, Echeverria M, Eschbach A, Falconet D, Filippi G, Gaspin C, Geourjon C, Grienenberger J-M, Houlné G, Jamet E, Lechauve F, Leleu O, Leroy P, Mache R, Meyer C, Nedjari H, Negrutiu I, Orsini V, Peyretaillade E, Pommier C, Raes J, Risler J-L, Rivière S, Rombault S, Rouzé P, Schneider M, Schwob P, Small I, Soumayet-Kampetanga G, Stankovski D, Toffano C, Tognolli M, Caboche M, Lecharny A (2005) GENEFARM, structural and functional annotation of Arabidopsis gene and protein families by a network of experts. Nucleic Acids Res 33 : D641-D646. (lire)

Boudart G, Jamet E, Rossignol M, Lafitte C, Borderies G, Jauneau A, Esquerré-Tugayé M, Pont-Lezica R (2005) Cell wall proteins in apoplastic fluids of Arabidopsis thaliana rosettes : identification by mass spectrometry and bioinformatics. Proteomics 5 : 212-221. (lire)

Charmont S, Jamet E, Pont-Lezica R, Canut H (2005) Proteomic analysis of secreted proteins from Arabidopsis thaliana seedlings : improved recovery following removal of phenolic compounds. Phytochemistry 66 : 453-461. (lire)

Masclaux F, Galaud J, Pont-Lezica R (2005) The riddle of the plant vacuolar sorting receptors. Protoplasma 226 : 103-108. (lire)

Masclaux F, Pont-Lezica R, Galaud J (2005) Relationship between allelic state of T-DNA and DNA methylation of chromosomal integration region in transformed Arabidopsis thaliana plants. Plant Mol Biol 58 : 295-303. (lire)

Schantz M, Jamet E, Guitton A, Schantz R, Houlné G (2005) Functional analysis of the bell pepper knolle gene (cakn) promoter region in tobacco plants and in synchronized BY2 cells. Plant Sci 169 : 155-163. (lire)

2004

Guzzardi P, Genot G, Jamet E (2004) The Nicotiana sylvestris extensin gene, Ext 1.2A, is expressed in the root transition zone and upon wounding. Biochim Biophys Acta 1680 : 83-92. (lire)

Jamet E (2004) Bioinformatics as a critical prerequisite to transcriptome and proteome studies. J Exp Bot 55 : 1977-1979. (lire)

Masclaux F, Charpenteau M, Takahashi T, Pont-Lezica R, Galaud J (2004) Gene silencing using a heat-inducible RNAi system in Arabidopsis. Biochem Biophys Res Commun 321 : 364-369. (lire)

Senchou V, Weide R, Carrasco A, Bouyssou H, Pont-Lezica R, Govers F, Canut H (2004) High affinity recognition of a Phytophthora protein by Arabidopsis via an RGD motif. Cell Mol Life Sci 61 : 502-509. (lire)

2003

Borderies G, Jamet E, Lafitte C, Rossignol M, Jauneau A, Boudart G, Monsarrat B, Esquerré-Tugayé M, Boudet A, Pont-Lezica R (2003) Proteomics of loosely bound cell wall proteins of Arabidopsis thaliana cell suspension cultures : a critical analysis. Electrophoresis 24 : 3421-3432. (lire)

Laval V, Masclaux F, Serin A, Carrière M, Roldan C, Devic M, Pont-Lezica R, Galaud J (2003) Seed germination is blocked in Arabidopsis putative vacuolar sorting receptor (atbp80) antisense transformants. J Exp Bot 54 : 213-221 (lire)

Salva I, Jamet E (2003) The tobacco Ext 1.4 extensin gene family is not regulated in cells proliferating under hormone control Plant Physiol Biochem 41 : 363-367 (lire)

Thèses

Ali ELJEBBAWI (2018-2021). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Arabidopsis thaliana : un modèle pour étudier les adaptations thermique et saline des plantes dans les Pyrénées

Sébastien VIUDES (2018-2021). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Variabilité naturelle des mucilages des graines de Brassicaceae : étude comparative inter et intra espèces.

Maxime BAFOIL (2018-2020). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Stimulation de la germination des graines et de leur croissance par plasmas froids à la pression atmosphérique.

Duchesse Lacours MBADINGA MBADINGA (2017-2020). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Elucidation du processus de polymérisation des monomères de cutine.

Harold DURUFLE (2014-2017). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Production et traitement de données « omics » hétérogènes en vue de l’étude de la plasticité de la paroi chez des écotypes pyrénéens de la plante modèle Arabidopsis thaliana. (lire)

Prix de thèse Henri Gaussen de l’Académie des Sciences Inscriptions et Belles lettres de Toulouse (2018)

Adélaïde JACQ (2013-2016). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Caractérisation fonctionnelle d’AtLTP2, une protéine de transfert de lipides impliquée dans le contrôle de l’intégrité de la cuticule chez Arabidopsis thaliana. (lire)

Edith FRANCOZ (2012-2015). Université Paul Sabatier, Toulouse 3. Rôle de la famille multigénique des peroxydases pariétales de classe III dans le développement et la dynamique des parois cellulaires végétales. (lire)

Prix de thèse Henri Gaussen de l’Académie des Sciences Inscriptions et Belles lettres de Toulouse (2016) (lire)

Huan NGUYEN-KIM (2011-2015). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Recherche de la fonction de protéines riches en hydroxyproline dans les parois végétales. (lire)

Qiang LI (2011-2014). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Global evolutionary analysis of CIII peroxidases in the green lineage. (lire)

Nizar FAWAL (2010-2013). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Automatic annotation of multigene families, the case of peroxidases.(lire)

May HIJAZI (2008-2011). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Caractérisation structurale et fonctionnelle d’AGP31, une glycoprotéine atypique de la paroi chez Arabidopsis thaliana. (lire)

Muhammad IRSHAD (2005-2008). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Dynamique des protéines pariétales au cours de l’élongation cellulaire dans des hypocotyles étiolés d’Arabidopsis thaliana : approches protéomique et transcriptomique. (lire)

Anne GOUGET (2003-2006). Université Paul Sabatier-Toulouse 3. Etude fonctionnelle d’un récepteur lectine kinase (LecRK79), potentiel partenaire dans les contacts paroi-plasmalemme chez Arabidopsis thaliana. (lire)

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