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Génomique fonctionnelle de l’Eucalyptus

Objectifs scientifiques

L’Eucalyptus est le feuillu le plus planté dans le monde, principalement pour la production de pâte à papier et plus récemment pour les bio-carburants de seconde génération. C’est aussi la seconde espèce forestière pour laquelle le génome a été séquencé. Notre objectif est de comprendre la régulation transcriptionnelle et post-transcriptionnelle de la formation du bois au cours du développement et en réponse aux stress de l’environnement. Nous cherchons à identifier des gènes régulateurs qui pourraient être exploitées pour améliorer la qualité du bois, en collaboration avec les sélectionneurs et des partenaires industriels. Notre espèce cible principale est l’Eucalyptus mais une partie des travaux est réalisée sur les plantes modèles, Arabidopsis et peuplier.

Thématiques de recherche :

  • Analyse du génome d’Eucalyptus pour des familles de gènes liées à la paroi secondaire et la réponse au stress.
  • Régulation transcriptionnelle de la formation de la paroi secondaire
  • Contrôle par l’environnement de la formation du bois Expertise technique :
  • Analyses de réseaux de gènes basées sur des approches de transcriptomique (RNAseq et qPCR microfluidigm).
  • Analyses fonctionnelles basées sur la transformation génétique : production de lignées transgéniques d’Eucalyptus et peuplier et de racines transformées par A. rhizogenes.
  • Identification de partenaires protéiques de facteurs de transcription par l’analyse de banque double hybride spécifique du xylème et microscopie FRET-FLIM.
  • Développement de bases de données génomiques pour l’Eucalyptus (http://www.polebio.scsv.ups-tlse.fr)
    En parallèle, l’équipe élargit en permanence son expertise d’analyse biochimique du bois.

Projets Financés :

TULIP-LabEx project “Plant cell wall plasticity in response to environmental cues” (2011-2020)
Plant KBBE “TreeForJoules” (2012-2015)
IDEX Actions thématiques stratégiques “EuCoWood” (2015-2017)

Contact

mail to Jacqueline GRIMA-PETTENATI (directrice de recherche CNRS)

Mots clefs
Eucalyptus ; régulation transcriptionnelle ; transcriptome ; adaptation aux stress de l’ environnement ; biomasse ligneuse ; formation du bois ; xylogenèse ; paroi secondaire ; bio-carburant ; pâte à papier ; stress abiotiques ; froid ; sècheresse ; contenu en lignine ; composition de la lignine ; CBF ; MYB ; Aux/IAA ; ARF ; OVATE.