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Bases de Données

Le LRSV est située dans l’environnement très dynamique de la Plateforme Bioinformatique de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées. Il bénéficie donc des ressources de calcul et de stockage mises à disposition par la plateforme. D’autre part, la vitalité du service commun de BioInformatique du LRSV a permis la création et le développement de base de données ayant un rayonnement national et international.

* AphanoDB est une base de données de séquences EST de l’oomycète Aphanomyces euteiches, parasite racinaire de légumineuses développée par l’équipe Immunité Végétale et Effecteurs.

* Les espèces d’Eucalyptus, réputées pour leur croissance rapide, les propriétés de leurs bois et une grande adaptabilité, sont parmi les feuillus les plus plantés dans le monde de la papeterie et du bois de construction. Le séquençage, l’assemblage des séquences, l’analyse et l’annotation de grandes collections d’EST associées à la formation du bois et à la tolérance au gel ont été centralisés dans EucaToul par l’équipe Génomique fonctionnelle de l’Eucalyptus.

* MAIZEWALL est une base de données développée par l’équipe Différenciation du xylème dans le cadre de la thématique Analyse transcriptomique de la mise en place de la paroi cellulaire chez le maïs.

* PeroxiBase est une base de données spécialisée dédiée à la superfamille des peroxydases développée par l’équipe Peroxydase Expression et Evolution dans la thématique Développement et mise à jour de la PeroxiBase. L’objectif est de centraliser la plupart des séquences codant pour les superfamilles de peroxydases, de suivre l’évolution des peroxydases chez les organismes vivants et de compiler les informations concernant leurs fonctions putatives et leur régulation transcriptionnelle.

* Trois outils informatiques ont été développés par l’équipe Protéines pariétales et Développement dans la thématique Protéomique de la paroi cellulaire végétale pour faciliter l’interprétation des données de protéomique des parois végétales. Il s’agit d’un outil d’annotation structurale et fonctionnelle des protéines (ProtAnnDB), d’une base de données de protéomique de la paroi végétale (WallProtDB), et d’un outil de prédiction d’extrémité N-terminale et de localisation des N-glycosylations (ProTerNyc) des protéines secrétées.