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Accueil du site > Equipes de recherche > Peroxydases : évolution et expression > Thèmes de recherche > Développement et mise à jour de la PeroxiBase

Développement et mise à jour de la PeroxiBase

Christophe DUNAND mail to , Catherine MATHÉ mail to , Bruno SAVELLI mail to

Contexte
L’objectif initial de centraliser des séquences codant pour les peroxydases de tous les organismes vivants, après annotation manuelle et correction, est toujours notre préoccupation majeure, mais aussi une garantie de qualité. Cependant, avec le nombre croissant d’organismes et de séquences, la PeroxiBase a besoin d’évoluer pour rester compétitive et attractive.

Objectifs
Nous souhaitons développer des pipelines afin d’accélérer l’intégration de nouvelles peroxydases, en vérifiant et corrigeant automatiquement les peroxydases annotées lors des nombreux projets génomes. Pour cela, les séquences seront soumises à nos profils familles-spécifiques et aussi comparées en terme de structure exon/intron aux séquences de la base.

De plus, il devient indispensable de proposer des pipelines propres au traitement des séquences issues de NGS, afin de tirer au mieux partie de ces données.

Par ailleurs, de nouveaux outils devraient être mis à disposition via l’interface de la PeroxiBase afin de faciliter l’analyse comparative entre organismes : outils de cartographie ou de navigation sur les génomes (MapChart, GBrowse…), identification et représentation des relations d’orthologie, paralogie (SyMap, Circos...)