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Analyse évolutive des peroxydases de classe III

Contact : mail to Catherine MATHÉ et mail to Christophe DUNAND

Contexte
Les peroxydases de classes III, ou peroydases sécrétées de plantes, appartiennent à une grande famille multigénique (73 Prx chez Arabidopsis thaliana et 138 chez Oryza sativa). Elles ont la particularité d’être plantes spécifiques et absentes de Chlamydomonas (Chlorophyceae) et montrent un taux de duplications élevé chez les plantes qui ont divergé plus tardivement. Ce fort taux de duplication, dépendant des phylum ou des genres, ainsi que les événements de perte de gènes existants rend les études évolutives complexes.

Objectifs
L’annotation exhaustive des peroxydases chez différents représentants des plantes dont les génomes sont entièrement séquencés (Brachypodium, riz, Arabidopsis, Sorgho, peuplier...) aiderait à identifier les orthologues et les événements de gains et pertes de gènes.
L’utilisation d’outils de clustering de séquences (orthoMCL) et de reconstruction de séquences ancestrales sera faite afin de faciliter les analyses.
Ainsi une analyse phylogénétique globale des peroxydases dans la lignée verte, complétée par la comparaison de la structure des gènes et leur organisation sur les génomes, permettra de mieux comprendre l’évolution de cette famille complexe.

Arbre phylogénétique des peroxydases de classe III de Selaginella (85 séq), Arabidopsis (73 séq) et du riz (138 séq).