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ProtAnnDB

La bioinformatique est un outil très important pour l’interprétation des résultats des études transcriptomiques et protéomiques. Elle est utilisée à deux étapes des études protéomiques : (i) pour l’identification des protéines par cartographie peptidique massique ou séquençage de peptides ; (ii) pour l’analyse des séquences des protéines identifiées, en particulier pour la prédiction de leur localisation sub-cellulaire et de leur fonction. Pour les études transcriptomiques, la bioinformatique est utilisée pour classer les gènes identifiés par fonction. En outre, la bioinformatique peut donner des indications sur des réseaux de gènes co-régulés, permettant ainsi de visualiser des réseaux métaboliques. Pour faciliter l’interprétation des données protéomiques et transcriptomiques, ProtAnnDB (Protein Annotation DataBase) rassemble les prédictions de localisation sub-cellulaire et de domaines fonctionnels effectués par plusieurs logiciels sur les protéines d’Arabidopsis thaliana, de Brachypodium distachyon et d’Oryza sativa.